Hadhratusy Syaikh KH. Ahmad Asrori al Ishaqy ra. mempunyai harapan mulia dan cita-cita yang luhur, yaitu keberlangsungan dan kelestarian Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah yang di dalamnya terdapat amaliyah dan perjuangan salafush sholih yang dikemas dalam kegiatan-kegiatan Pondok Pesantren sampai akhir zaman. Hadhratusy Syaikh memposisikan Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah sebagai amanat Allah SWT dan amanat umat, bukan harta warisan yang bisa dan dapat diwariskan. Karena pondok pesantren tidak bisa berdiri sebagai badan hukum, sehingga pendirian Yayasan merupakan sebuah keniscayaan, untuk menjamin keberlangsungan, perkembangan, kemajuan serta kesempurnaan Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah. Dalam rangka itulah, maka Hadhratusy Syaikh mendirikan “Yayasan Al Khidmah Indonesia” sebagai payung hukum “Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah” yang keberadaannya telah berjalan lebih dulu sejak tahun 1985. Hadhratusy Syaikh ra juga mengharapkan agar siapapun bisa ikut memikirkan, peka, peduli, dan andarbeni terhadap Pondok Pesantren untuk menuju kesempurnaan.

Dengan demikian, setelah wafat beliau, Yayasan Al Khidmah Indonesia merupakan representasi dari salah satu Yayasan Al Khidmah Indonesia didirikan pada hari Jum'at, dengan Akta yang dibuat dihadapan Wawan Setiawan , Sarjana Hukum, Notaris di Surabaya, tanggal 30 Juni 1995, nomor 14, oleh Hadlrotus Syaikh Achmad Asrori Al Ishaqi, RA., Haji Ridloun Nashir dan Haji Muhammad Cholis dalam kepengurusan pertama ini H. Ridlaun Nashir ditunjuk sebagai Ketua Yayasan Periode I. Saat ini adalah periode ke VI kepengurusan Yayasan Al Khidmah Indonesia dijabat oleh H. Jusuf Sjamsudin, drg., Sp. Ort (K) sebagai Ketua Umum Yayasan Periode 2021 – 2025. Merujuk pada Anggaran Dasar, Yayasan Al Khidmah Indonesia mempunyai maksud dan tujuan dibidang keagamaan, sosial dan kemanusiaan.

Adapun dalam melaksanakan maksud dan tujuan tersebut, Yayasan bergerak bersama-sama saling beriringan dengan pilar yang lain dalam bingkai sokoguru Limapilar yaitu (1) Thoriqoh Qodiriyyah Wa Naqshabandiyyah Al Utsmaniyah, (2) Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah, (3) Yayasan Al Khidmah Indonesia, (4) Perkumpulan Jamaah Al Khidmah dan (5) Keluarga Ndalem.